芦花鸡苗在养殖过程中疫病防控至关重要。首先要做好疫苗接种工作，1 日龄时接种马立克氏疫苗，预防马立克氏病；7 - 10 日龄接种新城疫 - 传染性二联苗，滴鼻点眼，预防新城疫和传染性；14 日龄接种法氏囊疫苗，可通过饮水或滴口的方式进行免疫。
日常养殖中，要加强卫生管理，定期对育雏室、养殖设备等进行，可选用合适的剂，如过氧乙酸、碘伏等，每周 2 - 3 次。保持养殖环境清洁干燥，及时清理粪便和剩余饲料，防止病菌滋生。同时，要注意观察鸡苗的精神状态、采食情况、粪便形态等，若发现鸡苗精神萎靡、食欲不振、粪便异常等症状，要及时隔离诊断，采取相应的措施。饲料和饮水要保证清洁卫生，避免受到污染，可在饮水中添加适量的电解多维，增强鸡苗的抵抗力。